На запад островите се умиват от Южно-Китайско море, на изток — Филипинско море, на юг — морето Сулавеси, на север Филипинските острови се отделят от остров Тайван чрез пролива Баши. Дължината на бреговата линия е 36,3 тыс. км.

Голяма част от големите острови имат вулканичен произход. Най-голямата планинска верига — Коордилерите се намира в централните и северни части на остров Лусон.
Най- голяма река във Филипините, Кагаян на остров Лусон с дължина 354 км. Най-голямо езеро, Лагуна-де-Бай също се намира в Лусон.
Филипините се намират в зона на висока сеизмична активност. Източната дъга на островите влиза в състава на Тихоокеанския "огнен пръстен".

Филипинският архипелаг е на кръстопътя на три подвижни пояса: източния край на Средиземноморския, Западно-Тихоокеанския  и Меланезийски. Разположен между две активни сеизмични зони, които започват от осите на дълбоководните жлебове — Манилски, Негрос и Котобато на запад и Филипинския (Минданао) на изток и наклонени съответно на изток и запад. Архипелагът се явява северно звено в системата от островни дъги, заемащ югоизточната част на Азиатския континент.
Древните скали на Филипинския архипелага — каменовъгленови-пермски и триасово-средноюрски кристалини шисти, мрамори, кварцити, а така също амфиболити, силициеви и глинести шисти — развити на островите Палаван, Паламиан, Миндоро, а така също на полуостров Замбоанга на остров Минданао. Скалите са интензивно деформирани и с внедрени гранитни и диоритни интрузии.

Реките на Филипините са къси (най-дълга е река Минданао – 550 км) и бързи, а енергетичния потенциал практически не се използва. Само на о-в Лусон действат няколко хидроелектростанции.

На територията на Филипините се отделят няколко малки по площ артезиански басейни, намиращи се в междупланински и предпланински падини (Кагаян, Централна, Котабато и др.), изпълнени с палеоген-неогенови и четвъртични отлагания. Основните ресурси от прясна вода в басейните са свързани с четвъртични алувиали с максимална мощност до 200 м. Ресурсите на вода са значителни, максимални дебити до 50 л/с. Водата е прясна, HCO3- — Ca2+ състав. В страната има ресурси от термоминерални води, свързани с субмеридионална зона от развитието на съвременен вулканизъм и сулфатарни полета. Страната разполага с сероводородно-въглеродни, азотно-въглеродни и въглекисели, термални и студени източници.

Тропически морски и субекваториален, мусонен. Отделят се три сезона – определящи се от североизточния мусон "хабакат" и "амихан", дъждовен период от юни до септември (температура +23-33 С, валежи над 1000 мм.), прохладен сух сезон от октомври до февруари, температура 23-39 С, валежи до 400 мм.) и горещ сух (март-май, температура над +35 С, валежи между 300-800 мм.). От юни до октомври често има разрушителни тайфуни. Най-добро време за посещение на страната - периода от края на септември до средата на май.

На Филипинските острови растителността се отличава с богатство и разнообразие и наброява над 10 хил. вида. Това са около 3 хил. дървета, 1000 вида папрати и папратообразни, 900 вида орхидеи.

От големите млекопитаещи на Филипините се срещат два подвида азиатски бивол - карабао и тамарау (последния е в централните райони на остров Миндоро). Също така няколко широко представени по- малки млекопитаещи. Към тях се отнасят пет вида макак, дългопет (представител на полумаймуните), гризачи, многочислени летящи мишки (около 60 вида, в това число крилани, нанасящи големи вреди на овошките) и земеройки, а така също явански елен (или дребен елен) и таралеж, живеещи на остров Палаван, филипински летящи лемури, гущер панголин. От хищниците се срещат такива малки животни, като мангуста, бинтуронг. На Филипините са регистрирани няколко стотин вида птици. Над 300 вида птици гнездят тук, в това число рядката хищна птица от семейство ястребови - харпия (обитава горите на остров Минданао и се храни с макаци). Поразява разнообразието и красотата на пеперудите. 
В морето се лови над 2 хил. вида риби, много от които имат промишлено значение (сардини, скумрия, риба тон и др.). В плитчините на архипелага Сулу се срещат големи колонии от миди, в това число перлени.

Числеността на населението на Филипините по състояние от 2007 г. е 88,5 млн. д. – 12- място в света. Възрастова група: 0 – 14 г.: 35,2%; 15 – 62 г.: 60,6%; 65 г. и повече: 2,1%. Средна продължителност на живот: 71,09 г., мъже: 68,17 г., жени: 74,15 лет. Фертилност: 3,23 деца на 1 жена.

Най-големи етнически групи: себуано, илоки, тагали, пангасинан, пампанган, бикол и варайци. От 30-те г. на миналия век правителството на страната налага използването и развитието на държавен езика филипино, основан на база тагалския.